Υπάρχουν πολλοί ανάμεσά μας που πιστεύουν ότι η παχυσαρκία οφείλεται σε διαταραχή των ενδοκρινών αδένων. Η έρευνα όμως έχει αποδείξει ότι οι ενδοκρινοπάθειες ευθύνονται για ένα μικρό ποσοστό των περιπτώσεων παχυσαρκίας.
Αξίζει όμως να αποκλειστεί μετά από επίσκεψη σε ενδοκρινολόγο ότι η παχυσαρκία (αύξηση βάρους) δεν οφείλεται σε ενδοκρινικές παθήσεις. Στους ενήλικες πρέπει να αποκλειστεί η ύπαρξη συνδρόμου Crushing και ο υποθυρεοειδισμός.
Στα παιδιά αιτία παχυσαρκίας αποτελούν οι όγκοι του υποθαλάμου με κύριο εκπρόσωπο το κρανιοφαρυγγίωμα.

Η παχυσαρκία είναι συνηθισμένο εύρημα στον υποθυρεοειδισμό. Οι θυρεοειδικές ορμόνες επηρεάζουν το μεταβολισμό και το βασικό μεταβολικό ρυθμό.
Ο βασικός μεταβολικός ρυθμός είναι ένα μέτρο ενέργειας, που απαιτείται για να συντηρείται η ζωή.
H ενέργεια αυτή είναι υπεύθυνη για τη διατήρηση της λειτουργίας των οργάνων (π.χ. πνευμόνων, καρδιάς, νεφρών). Η αύξηση βάρους είναι μεγαλύτερη σε σοβαρό υποθυρεοειδισμό και δεν σχετίζεται με αύξηση λιπώδους ιστού αλλά με κατακράτηση υγρών και αλατιού.

15 με 10% των γυναικών στην αναπαραγωγική ηλικία έχουν διαταραχές περιόδου, υπερτρίχωση και συνήθως πρόβλημα γονιμότητας μέσα στα πλαίσια του συνδρόμου πολυκυστικών ωοθηκών.
Το 40 με 80% των γυναικών είναι υπέρβαρες ή παχύσαρκες .
Η παχυσαρκία δεν είναι αίτιο του συνδρόμου, αλλά συνοδεύεται από φαινότυπο που σχετίζεται με αυξημένο καρδιαγγειακό κίνδυνο, λόγω αντίστασης στην ινσουλίνη και υπερλιπιδαιμία.
Η παχυσαρκία στο πολυκυστικό σύνδρομο σχετίζεται με υπογονιμότητα και αυξημένο κίνδυνο επιπλοκών κατά την εγκυμοσύνη και τον τοκετό.
Η απώλεια βάρους είναι κύριο μέρος (θεμελιώδης λίθος) της ύφεσης των συμπτωμάτων στο PCO.
Με απώλεια 5% του αρχικού βάρους βελτιώνεται η ωορρηξία και η γονιμότητα των ασθενών. Μαζί με τη δίαιτα, η άσκηση και η μετφορμίνη συστήνεται για τη θεραπεία του συνδρόμου.

Μετά την εμμηνόπαυση οι γυναίκες παρουσιάζουν αυξημένο κίνδυνο παχυσαρκίας. Στην περιεμμηνόπαυση παρατηρείται αύξηση βάρους γύρω στα 2 με 3 κιλά και μετά την εμμηνόπαυση η αύξηση αυτή μπορεί να φτάσει στα 5 κιλά.
Στην περιεμμηνόπαυση αλλά και κατά την εμμηνόπαυση η αύξηση αυτή οφείλεται στην αύξηση της όρεξης και της πρόσληψης θερμίδων λόγω των ορμονικών αλλαγών.
Η έλλειψη - μείωση των οιστρογόνων οδηγεί σε μείωση του μεταβολισμού και μέσω της αύξησης της λιπογένεσης προκαλείται κεντρική παχυσαρκία.

Η κεντρική παχυσαρκία χαρακτηρίζεται από αύξηση του σπλαχνικού λίπους και μεταβολικές διαταραχές όπως υπέρταση, σακχαρώδης διαβήτης, υπερλιπιδαιμία.

Σε μελέτες φάνηκε ότι η γκρελίνη, ορμόνη που προκαλεί αίσθημα κορεσμού, ήταν σημαντικά υψηλότερη στις περιεμμηνοπαυσιακές γυναίκες, ενώ τα χαμηλά οιστρογόνα μειώνουν τη δράση της λεπτίνης και των νευροπεπτιδικών ορμονών που προκαλούν κορεσμό.

Το σύνδρομο οφείλεται σε υπερπαραγωγή κορτιζόλης. Στους ασθενείς με Cushing, η παχυσαρκία είναι προοδευτική, κεντρικού τύπου και αφορά το πρόσωπο, τον τράχηλο, τον κορμό και την κοιλιά. Τα πόδια αντίθετα είναι αδύνατα
Σε αντίθεση με τους ενήλικες, το παιδιατρικό Cushing χαρακτηρίζεται από παχυσαρκία και κοντό ανάστημα.